Na czele Kedywu Komendy Głównej Armii Krajowej stał jego Komendant (szef), który kierował całością walki bieżącej AK i za nią odpowiedzialny był przed Komendantem Głównym. Szef Kedywu piastował w Sztabie Komendy Głównej stanowisko równorzędne do szefów oddziałów, ponadto wchodził w skład ścisłego sztabu kierowniczego Kierownictwa Walki Konspiracyjnej, a następnie Kierownictwa Walki Podziemnej. Uczestniczył on także w różnych odprawach Dowódcy AK i Szefa Sztabu KG.

Szef Kedywu kierował odcinkiem swojej pracy za pomocą podległego mu "sztabu dywersji", złożonego z grupy oficerów, odpowiedzialnych za dany odcinek działalności.
Za datę faktycznego powstania sztabu Kedywu KG, historycy uznają listopad 1942 r. Rozkaz z 22 stycznia 1943 r., tylko formalnie zatwierdził stan rzeczy istniejący już od prawie trzech miesięcy.
Widzimy więc, że już od listopada 1942, aparat dowodzenia Kedywem rozrastał się, aby w latach 1943/1944 stanowić w pełni ukształtowaną oraz silnie rozbudowaną strukturę.

Komendanci:

płk. August Emil Fieldorf "Nil".: jesień 1942 - 1 luty 1944 r.
ppłk Jan Mazurkiewicz "Sęp", "Zagłoba", "Radosław".: 1 luty 1944 - 19 stycznia 1945 r.

Zastępcy komendanta:

płk Franciszek Niepokólczycki "Franek", "Szubert", "Teodor".: styczeń - 4 września 1943 r.
ppłk Jan Mazurkiewicz "Sęp", "Zagłoba", "Radosław".: marzec 1943 - 1 luty 1944 r.

Szefowie sztabu:

mjr sł. st. Wacław Janaszek "Bolek".: grudzień 1942 - czerwiec 1944 r.
p.o. kpt. Mieczysław Kurkowski "Mietek".: czerwiec - lipiec 1944 r.

Oddział I (Organizacyjny) "Magistrat", "Gromada".

Szefowie:
kpt./mjr Wacław Chojna "Horodyński", "Młotek".: ?? - ??
Zastępca:
ppor./por. Stanisław Wierzyński "Klara", "Korybut".

W okresie od września 1943 do lutego 1944 r., Oddział dzielił się na 3 działy: organizacyjno-personalny, legalizacyjny i skrytek.
Według preliminarza budżetowego Kedywu na II kwartał 1943 r., Oddział I - określony jako komórka "oficera organizacyjnego" - zatrudniał na etacie 9 pracowników. Natomiast niedatowany, ale późniejszy dokument zatytułowany "Ogólny budżet Kedywu. Etat personalny Kedywu KG" mówi o 8 etatach, czyli o: oficerze organizacyjnym, referencie personalnym, referencie bezpieczeństwa, referencie legalizacji i dokumentów, dwóch łączniczkach, kreślarzu i maszynistce.

Dział organizacyjno - personalny.

Szef:
kpt./mjr Wacław Chojna "Horodyński", "Gromada".: 1942 - 1944 r.
Oficer ewidencyjno - personalny:
ppor. Roman Groniecki "Adam".: październik 1943 - ??

W zakres działalności działu wchodziły wszelkie sprawy organizacyjne i personalne Kedywu KG.

Dział Legalizacji.

Szef działu i zastępca szefa Oddziału:
ppor./por. Stanisław Wierzyński "Klara", "Korybut".: czerwiec 1943 - ??

Komórki:

Produkcja dokumentów.
Pracownia fotokopii i fotografii.
Zespół produkcji stempli i klisz.
Zespół drukarski.
Zespół wystawiania dokumentów.

Głównym zadaniem działu było zapewnienie dokumentów potrzebnych do bieżącej działalności Kedywu KG.
Według stanu z 1 kwietnia 1944 r., dział liczył 6 stałych pracowników (m. in. 1 oficer, 1 elew szkoły podchorążych i 2 kobiety), oraz 9 współpracowników niezaprzysiężonych ( m. in. 3 pracowników drukarskich, 2 fotochemików, 2 grawerów - gumiarzy).

Dział skrytek.

Szef:
st. ogn. Henryk Rajewski "Skala", "Honoracia".: ?? - ??

Dział wykonywał skrytki przenośne i meblowe dla całego Kedywu KG.

Oddział II (Informacyjny) "Kameleon".

Szef:
kpt. Tadeusz Grzmielewski "Igor".: przełom 1943/1944 - ??

Oddział II został utworzony najprawdopodobniej pod koniec 1943 r. lub na początku roku 1944, gdyż w dokumentach "Kedywu" z 1943 r., nigdzie go nie wymieniano.
Zalążkiem oddziału była działająca od początku 1943 r., Brygada Informacyjno-Wywiadowcza "Jeż", "Beczka", "Kameleon". Jesienią 1943, w Brygadzie działało 7 oficerów i 12 podoficerów. Dowódcą od 24 sierpnia 1943 r., był por. Stefan Wysocki "Jeż".

Oddział III (Operacyjny) "Cyrkiel", "Wilk".

Szefowie:
kpt./mjr Karol Jabłoński "Zygmunt".: styczeń 1944 - ??
- N.N.
Zastępca:
kpt. Tadeusz Grzmielewski "Igor".: styczeń - koniec 1943/początek 1944 r.

Oddział III powstał najprawdopodobniej w styczniu 1943 r. Do jego głównych zadań należało planowanie walki bieżącej.
Według zestawienia osobowego z 30 października 1943 r., pracowało tu 7 osób: oficer operacyjny, zastępca, oficer informacyjny, kreślarz, maszynistka i dwie łączniczki. Wspomniany już wcześniej "Ogólny budżet Kedywu. Etat personalny Kedywu KG" wymienia 8 osób, w tym kierownika Referatu "Reich". Dokument ten wymienia przy Oddziale III funkcję "łącznika do WC" lub "łącznika dla odcinka Walki Cywilnej" (Kierownictwa Walki Cywilnej), którym od listopada 1942 do lipca 1943 r., był Jerzy Michalewski "Jerzy Grotowski".

Oddział IV (Wyszkoleniowy)" Bąk", "Zenon".

ppłk Henryk Krajewski "Bąk", "Trzaska", "Wicher".: listopad 1942 - 1943 r.
kpt. N.N "Zenon" (mjr inż. Wiktor Marcinkowski "Grań", "Sęp" ?) .: 1 września 1943 - ??

Kierownik Wyszkolenia.
kpt./mjr Wiktor Marcinkowski "Grań".: sierpień 1943 - ??

Wykładowcy:

Instruktorzy sabotażu:
c.c. rtm. Jerzy Sokołowski "Mira".: wiosna - 2 października 1943 r. (aresztowany).
por. Stanisław Kotorowicz "Crown", "Kron".: listopad 1942 - 20 maja 1943 r. (poległ).
por. Zbigniew Bątkiewicz "Zabawka".: marzec 1943 - ??

Zadaniem Oddziału IV było przede wszystkim prowadzenie fachowego wyszkolenia sabotażowo-dywersyjnego dla potrzeb Oddziałów Dyspozycyjnych "Kedywu" KG oraz instruktorów i specjalistów dla Okręgów.
W styczniu 1943 r., Oddział Wyszkoleniowy zatrudniał 6 pracowników etatowych. Z miesiąca na miesiąc jednak liczba pracowników dynamicznie wzrastała i w czerwcu tego roku wyniosła 24, by w następnym miesiącu ustabilizować się na poziomie 23 pracowników (oficer wyszkoleniowy, zastępca i gospodarz kursów, 8 wykładowców i 12 łączniczek).

Oddział V (Łączność) "Łąka".

Szef:
- dr med. Zofia Maternowska "Przemysława".: jesień 1942 - sierpień 1944 r.

Zastępca:
- Halina Tomaszewska "Małgorzata".: ?? - ??

Komórka "Krokodyle".

Kierowniczka:
- Wanda Charnasson-Korycińska "Paula".: ?? - ??

W skład Oddziału wchodziło kilka komórek łączności wewnętrznej, a także komórka łączności terenowej o kryptonimie "Krokodyle". Komórka ta powstała ostatecznie w marcu 1943 r., i podzielona została na dwa działy: "Krokodyle A" - łączność na terenie Warszawy oraz "Krokodyle B" - kurierzy (11 osób).
Dział A miał za zadanie utrzymywanie łączności wewnątrz "Kedywu" KG, podejmowanie przyjeżdżających na kursy ludzi z terenu oraz pośredniczenie w przekazywaniu poczty "Kedywu" KG do baz okręgowych.
Dział B zapewniał natomiast bezpośrednią łączność kurierską "Kedywu" KG z Okręgami.

Biuro Studiów "Apteka", "As".

Szef:
kpt./mjr Zbigniew Sujkowski "Wyga", "Zbyszek".: koniec 1942 - maj 1944 r.

Biuro Studiów "Kedywu" KG stanowiło kontynuację Biura Studiów Środków Walki Sabotażowo-Dywersyjnej szefostwa Związku Odwetu (BSS). Do zadań Biura należało badanie, zakup i produkcja oraz magazynowanie i rozdział w teren środków walki sabotażowo-dywersyjnej.

Komórka ta stanowiła jeden z najbardziej rozbudowanych działów "Kedywu" KG. W sierpniu 1943 r., zatrudniała ona 24, natomiast po koniec tego roku 28 etatowych pracowników w tym m. in.: kierownika Biura, trzy łączniczki, maszynistkę, kierownika działu wydawnictw i instrukcji, zastępcę szefa Biura, kierownika działu chemicznego, kierownika działu sanitarnego, referenta do spraw sapersko-dywersyjnych, referenta do spraw sabotażowych, referenta do spraw prawno-administracyjnych, referenta do spraw kolejowych, referenta do spraw przemysłowych, referenta do spraw telekomunikacyjnych.

Biuro dysponowało również własnymi Oddziałami Dyspozycyjnymi (patrolami dywersyjnymi). Po odlocie kpt. Sujkowskiego "Wygi" do Londynu (30 maja 1944 r.) agendy Biura przejęło Biuro Badań Technicznych (BBT) Wydziału Saperów używając odtąd nazwy: Biuro Studiów i Badań Technicznych.

Dział Produkcji "Teodor", "Remiza".

Szef:
płk Franciszek Niepokólczycki "Teodor".: styczeń - wrzesień 1943 r.
ppor. Franciszek Hamankiewicz "Rębisz".: wrzesień 1943 - ??

Zastępca:
- Franciszek Jurecki "Tatar".: ?? - ??

Dział podlegał zastępcy szefa komendanta "Kedywu" KG płk Niepokólczyckiemu, co pozwala przypuszczać, że istniał wówczas ścisły związek pomiędzy "Teodorem"/"Remizą" a Wydziałem Saperów KG.

Struktura Działu:

- kierownik administracyjny.
- kierownik produkcji mechanicznej, zastępca kierownika, ekspedycja.
- ochrona transportu.
- kierownik składnicy dywersyjnej, zastępca, personel pomocniczy.
- referat badań technicznych w składzie: kierownik, zastępca kierownika, konstruktor, dowódca patrolu prób, maszynistka, kreślarz.

Dział Produkcji był jedną z najbardziej rozbudowanych komórek Kedywu KG. W czerwcu 1943 r., pracowało tu 48 ludzi. Wiosną tego roku Dział opłacał wynajem 13 lokali do prac produkcyjnych.
W II półroczu 1943 r., "Teodor" zajmował się produkcją: ładunków termitowych, spłonek saperskich, filipinek (granatów), perełek (granatów), świec dymnych, materiałów do akcji sabotażowych, owijek do butelek zapalających.
Na I półrocze roku 1944 r., planowano uruchomienie produkcji "ogórków" (granatów nowego typu), spłonek, szedytu i owijek.

Centrala Zaopatrzenia Terenu "Stadion", "Czata".

Szefowie:
ppłk Henryk Krajewski "Trzaska".: 1 września 1943 - maj 1944 r.
c.c. mjr Tadeusz Runge "Witold".: maj 1944 - ??

Dział zajmował się wyłącznie zaopatrywaniem terenu w środki walki i potrzebne materiały. Podlegały mu trzy bazy zaopatrzeniowe: "Zagroda" (kolejno: I, II, III), "Start" (kolejno: I, II, III) oraz "Godzina" (I, II, III).

Referat Budżetowy "Wąż", "Kakao".

Kierowniczka:
- Halina Krajewska "Halszka", "Halula".: ?? - ??

Zastępczyni:
- Gabriela Walter "Ela".: ?? - ??

Referent sprawozdawczości:
- N.N. "Teresa".: ?? - ??

Komórka Sanitarna "Rola".

Szef:
- dr Cyprian Sadowski "Skiba".: ?? - ??

Zastępca:
- Czesław Narkiewicz "Bryła".: ?? - ??

Adiutant szefa referatu:
- Zbigniew Zawadzki "Zbyszek Podlewski".: ?? - ??

Skarbnik oraz łączniczka z innymi członami "Kedywu" KG: - Stanisława Kwaskowska "Pani Stasia".: ?? - ??

Łączność z oddziałami:
- Zofia Krassowska "Zosia", "Zofia Duża".: ?? - ??

Lekarze:

pchor. phm. Zygmunt Kujawski "Brom".
pchor./ppor. Zygmunt Dworak "Dr Maks".
- dr ginekologii Czesław Jerzy Kaczyński "Bogdan", "Kalinowski".
- dr neurologii Włodzimierz Nakwaski "Wodołaz".
- dr chirurgii Jan Klemens Lipiński "dr Kalina".
- dr Tadeusz Biernacki "dr Poraj".
- dr bakteriolog Jan Chomiczewski "Pobożański".

Zadaniem referatu było zapewnienie opieki medycznej żołnierzom Oddziałów Dyspozycyjnych Kedywu KG. Komórkę "Rola" rozpoczęto formować w czerwcu 1943 r., a prace organizacyjne ukończono w listopadzie tego roku.
Z komórką sanitarną współpracowało także wielu lekarzy - zaprzysiężonych i nie zaprzysiężonych - którzy brali udział w wielu akcjach obsługując punkty medyczne, tworzone na zapleczu akcji dywersyjno-bojowych, opiekując się rannymi w szpitalach i odwiedzając ich w domach.
Oprócz lekarskiej, komórka korzystała również z pomocy innych osób, czy to mocno zaangażowanych w prace Kedywu KG, czy też luźno związanych z konspiracją i w różny sposób z nią współdziałających. Najczęściej były to osoby o dużych możliwościach, jakie stwarzała im np. praca w szpitalach czy w aptekach.

Referat Prawno - Administracyjny.

Szef:
- N.N. "Albin".: (koniec 1943 r.).

Pracownicy:
ppor. Roman Groniecki "Adam".
- N.N. "Brzeziński".

Komórka prokuratorska Wojskowego Sądu Specjalnego.

(Zlikwidowana w październiku 1943 r.)

Szef:
ppor. Roman Groniecki "Adam".: luty - październik 1943 r.

Referat Kontroli Akcji.

(Istniał do jesieni 1943 r.)

Szef:
mjr/ppłk Jan Mazurkiewicz "Sęp".